Der Leistungsauftrag der Justizvollzugsanstalt Wauwilermoos bestimmt sich nach den Vorgaben des Justiz- und Sicherheitsdepartements des Kantons Luzern und basiert auf dem Gesetz über den Justizvollzug sowie der Justizvollzugsverordnung. Der Auftrag wird darin wie folgt umschrieben:
Die Justizvollzugsanstalt Wauwilermoos dient als offene Anstalt dem Vollzug von Freiheits- und Ersatzfreiheitsstrafen im Normalvollzug von männlichen Straftätern, die nicht gemeingefährlich sind und bei denen keine Fluchtgefahr besteht.