Die Abteilung Militär vollzieht die Aufgaben, die in der Militärgesetzgebung verankert sind. Die Abteilung gliedert sich in zwei Aufgabengebiete:
- Militärverwaltung (Administration aller militärdienst- bzw. wehrpflichtigen Personen des Kantons Luzern)
- Militärbetriebe (Betrieb des Armee-Ausbildungszentrums, der Retablierungsstelle und der Generalstabsschule Kriens).